El plan de estudios del segundo ciclo (Licencia) y del tercero (Doctorado) en Teología Moral en la Academia Alfonsiana está diseñado para responder a una comprensión más profunda del misterio de Cristo y a las exigencias universalmente requeridas para los estudios superiores. Estos estudios serán dirigidos de acuerdo con la doctrina católica propuesta por el Magisterio de la Iglesia.

Por consiguiente, es necesario que la metodología en Teología Moral se oriente a una exposición basada en la sagrada escritura, de manera verdaderamente científica y a la luz del misterio de Cristo, de la grandeza de la vocación de los fieles en Cristo y de su obligación de producir frutos de caridad para la vida del mundo (Optatam totius, n. 16).

La especialización en Teología Moral en la Academia Alfonsiana, como Instituto de investigación profunda de la doctrina moral, comprende dos ciclos de dos años cada uno:  el primero para el grado denominado del ciclo 2º (Licencia) y el otro para el grado denominado del ciclo 3º (Doctorado).